Zajímavým způsobem se vyvíjela i představa referenčního modelu ISO/OSI o jednotlivých aplikacích. Původně se předpokládalo, že jednotlivé aplikace budou přímou součástí nejvyšší ze sedmi vrstev ISO/OSI, označované kvůli tomu jako vrstva aplikační. Pak se ale přišlo na to, že to není dost dobře možné: konkrétní způsob fungování každé vrstvy by měl být přesně předepsán (standardizován). Pokud by součástí aplikační vrstvy skutečně byly všechny aplikace (a to "celé", tj. i se svými uživatelskými rozhraními), pak by musely být standardizovány všechny jejich vlastnosti, včetně například jejich uživatelského rozhraní, formátu jejich "okének", ikon, kurzorů apod. A to jistě není ani únosné (z hlediska objemu práce na standardech), ani není žádoucí svazovat autory těchto aplikací v rozletu a v tom, jak dobře vyjdou vstříc potřebám koncových uživatelů.

Na druhé straně určité sjednocení a určitá míra standardizace jsou jistě zapotřebí - mají-li si například rozumět různé aplikace pro elektronickou poštu, v tom smyslu že mají být schopné si mezi sebou předávat jednotlivé zprávy, pak je jistě nutné standardizovat právě mechanismy přenosu zpráv a formát těchto zpráv, ale je možné ponechat plnou volnost tvůrcům, pokud jde například o uživatelský komfort.

V praxi nakonec došlo k tomu, že některé části aplikací byly "vystrčeny" nad aplikační vrstvu, a již nejsou předmětem standardizace, zatímco zbývající části aplikací zůstaly součástí aplikační vrstvy a standardizovány jsou. Představu o konkrétním vedení "řezu" naznačuje příklad s elektronickou poštou - součástí aplikační vrstvy jsou přenosové mechanismy elektronické pošty, zatímco jejich uživatelské rozhraní již je nad aplikační vrstvou.